- Matuizos
- Mažieji Baušiai
- Mažosios Sėlos
- Mediniai
- Mendzisargiai
- Merkinė
- Merkio Vilkiškės
- Miežionys
- Miežiškės
- Miežiškės
- Mikantonys
- Mikniškės
- Mikšiuliai
- Miletiškės
- Milkūnai
- Milvydai
- Misiučėnai
- Mišiūnai
- Miškiniai
- Mištautonys
- Mištūnai
- Moliškės
- Magūnai
- Maišeliai
- Malinava
- Manastirka
- Mančiušėnai
- Mantagališkiai
- Mantinionys
- Markučiai