- Šlapės
- Šlekiškės
- Šlepečiai
- Snieriškės
- Spitrėnai
- Sprakšiai
- Stabulankiai
- Stainiškis
- Stalnioniškis
- Stanėnai
- Staniuliškės
- Starkai
- Stasiškės
- Stasiūnai
- Staškūniškis
- Strazdai
- Strazdakalnis
- Strokiniai
- Stučiai
- Stūgliai
- Stumbrė
- Sūdalaukis
- Sudeikiai
- Šuminai
- Sungailiai
- Sūngailiškis
- Suoleliai
- Skryteliai
- Stabatiškė
- Sabalunkos