- Salagalys
- Salamiestis
- Šalnakandžiai
- Šalteniai
- Šapalai
- Šatiliškis
- Šaukliškiai
- Šepeta
- Šernupys
- Setekšnos
- Šiaudiniai
- Siauriai
- Šileikiai
- Šimiškiai
- Šimonėliai
- Šimonys
- Skapiškis
- Skodiniai
- Skverbai
- Slabada
- Slavinčiškis
- Smėlinka
- Šnipeliškis
- Sokonys
- Staniuliškis
- Starkonys
- Stičkalnis
- Stirniškiai
- Stračniai
- Stuburai